Der zweite Weltkrieg von 1939 bis 1945 forderte noch mal 17 Opfer und weitere zehn Vermisste. Während der Kriegshandlungen mussten alle Einwohner den Ort im April 1945 zwei Mal verlassen. Am 8. Mai 1945 war Waffenstillstand und die faschistische Wehrmacht musste bedingungslos kapitulieren. Alle Einwohner kamen von der Flucht zurück. Der Krieg hatte im Ort und der Umgebung grausame Spuren hinterlassen. Der größte Teil der Einwohner waren zu dieser Zeit Bauern, bei denen auch ein Teil der Einwohner eine Arbeit fand.
Da kaum noch Vieh in den Ställen war, war es für die meisten Bauern ein sehr schwerer Anfang. Durch den Krieg waren im Ort vier Wohnhäuser und eine Scheune abgebrannt. Manch brauchbare Gegenstände lagen in Fluren und Feldern. Die Eisenbahnbrücken an der Burkauer Straße und an der B6 waren gesprengt worden. Dabei wurden die angrenzenden Gebäude beschädigt. Der Ort selbst hatte 17 Tote und 9 Vermisste zu beklagen. Da lange Zeit keine Bahn fuhr, mussten die Bauern mit den Pferden aus Wetro und anderen Gruben für die Bäckerei Kohle holen. Einen sehr lebendigen Blick in die letzten Kriegstage vermittelt uns ein Erlebnisbericht, aufgeschrieben vom langjährigen Ortschronisten Herrn Manfred Barchmann.
DAS KRIEGSENDE, WIE ICH ES ALS 14 JÄHRIGER ERLEBT HABE
Am 20. April mussten alle Einwohner den Ort verlassen, da die Front immer näher kam. Die Bauern verstauten ihr Hab und Gut auf Pferdewagen, die kleinen Leute auf Handwagen. Das Vieh in den Ställen wurde ins Freie getrieben und ihrem Schicksal überlassen. Meine Eltern und wir sechs Kinder verstauten unsere Kleidung auf zwei Handwagen, die wir beim Nachbarn, dem Bauern Schmidt, anhängen durften. Am ersten Tag ging es bis nach Neukirch zur Übernachtung und am nächsten Tag weiter bis Wehrsdorf, wo wir dann auch bis zum Kriegsende, dem 8.Mai 1945, blieben. An diesem Tag sind wir mit Herrn Bauer Schmidt am frühen Morgen in Richtung Heimat aufgebrochen, immer mit dem Gedanken: Was wird uns da erwarten?
In Steinigtwolmsdorf nahmen uns polnische Soldaten das Fahrrad weg und in Schmölln wurde dem Bauer Schmidt ein Pferd ausgespannt. Als wir gegen Abend, der Weg führte uns über Kynitzsch und Neu-Schönbrunn, unser Dorf erblickten, sahen wir ein abgebranntes Haus, so dass anzunehmen war, dass in den zwei Wochen die wir weg waren, das Dorf beschossen oder von Flugzeugen bombardiert worden war.
Kriegsschäden waren an folgenden Gebäuden zu verzeichnen: Das Wohnhaus des Arbeiters Martin Richter (heute Minkwitz), das Wohnhaus des Bauern Ledrich, das Wohnhaus des Arbeiters Paul Gnauck (heute Ronny Schwarz), die Scheune und der Geräteschuppen des Landwirtes Martin Katzer (heute Katja Kinzel), das Wohnhaus des Arbeiters Paul Große (heute Natschke) und im Ortsteil Kynitzsch (Schliefermühle) das Wohnhaus des Landwirtes Ernst Mütze. Vor meinem Elternhaus, der Bäckerei Barchmann, war eine Granate im Hof eingeschlagen, so dass sämtliche Fensterscheiben der Hofseite zu Bruch gegangen waren. Aber das Haus stand noch und das war das Wichtigste.
MANFRED BARCHMANN, ORTSCHRONIST
Während des Krieges hatten die Bauern fremde Arbeitskräfte aus verschiedenen Ländern Europas. Zusätzlich wurden Kriegsgefangene zugewiesen. Nach Kriegsende wurde der Ort durch die Rote Armee besetzt, mit deren Unterstützung allmählich wieder geregelte Verhältnisse einzogen. Oskar Gnauck aus Neu-Schönbrunn wurde zum kommissarischen Bürgermeister ernannt. Der Bäckermeister Barchmann wurde beauftragt, für alle hungrigen Bürger Brot zu backen.
Im Herbst 1945 kam es zur Bodenreform. Das Rittergut von Ponikau wurde aufgeteilt. 43,14 ha Land erhielt die Gemeinde Schönbrunn. 16 Arbeiter erhielten dadurch Ackerland für ihre Familien. Für 19 Bauern verbesserten sich die Lebensbedingungen. 10 ha Land übernahm die Gemeinde für Rückkehrer. Dieses Land wurde später an 13 Rückkehrer vergeben.
Kriegsverbrecher wurden enteignet und bestraft. Einige flohen in den Westen. Der Besitzer der "Amselschänke" wurde enteignet. Das Objekt wurde Volkseigentum. Bis 1947 erhielt der Ort ständig Flüchtlinge aus Ungarn, der CSSR und Polen. Die Einwohnerzahl erhöhte sich bis auf 660. Dadurch kam es zu Wohnraummangel.
Um Hausfrauen und Mütter wieder in den Arbeitsprozess zu integrieren, wurde 1952 ein Erntekindergarten eingerichtet, deren Leitung Frau Margarethe Gnauck aus Wölkau übernommen hatte. Die Einrichtung mit seinen 16 Kindern war damals im Gasthaus Schossig untergebracht.
1953 wurde der Kreis Bischofswerda gebildet. Von 1950 bis 1956 hatte das Dorf eine Laienspielgruppe, die jährlich ein bis zwei Mal im Saal im Erbgericht sowie in den Nachbargemeinden Burkau, Uhyst und Stacha auftrat. Von den Eintrittsgeldern wurde im Ort die Straßenbeleuchtung erneuert und erweitert.
Bis 1955 waren alle Kriegsschäden wieder beseitigt und es wurde der neue Kreis Bischofswerda gebildet. Die Gemeinde Schönbrunn gehörte nun zum Kreis Bischofswerda. Wegen Krankheit wird am 15. März 1955 der Bürgermeister Oskar Gnauck durch Herrn Erich Hornuf aus Taschendorf abgelöst. Die ehemalige Molkerei von Paul Schulz wurde 1956 mit Unterstützung des Rates der Gemeinde so ausgebaut, dass der Erntekindergarten dort untergebracht werden konnte. Die meisten Arbeiten wurden in NAW (Nationales Aufbauwerk) erbracht.
Mit der Gründung der LPG Typ III am 30. Juni 1958 begann der Prozess der Verstaatlichung der Landwirtschaft. Am 5. April 1960 folgte mit der Gründung der LPG Typ I "Eichberg" eine weitere Landwirtschaftliche Produktionsgenossenschaft (LPG). Bis 1975 gingen alle im Ort vorhandenen Einzelbetriebe, begünstigt durch die Fertigstellung der Milchviehanlage, in den Genossenschaften auf.